在十二届全国人大常委会第十八次会议上，国务院关于深化医药卫生体制改革工作进展情况的报告指出，随着医改进入深水区和攻坚期，体制机制矛盾更加突出，一些新情况、新问题、新挑战不断涌现。近日，全国人大常委会委员、全国人大代表在分组审议中也提出，医改在各个方面的成绩都很大，但还不尽如人意，并积极开出“药方”。
全国人大代表温秀玲表示，公立医院改革是医改的最难点，政府要做好顶层设计和全局统筹，对设立的改革核心指标严格监控，下决心、动真劲、能突破。政府应该管好资金的筹措与保障，取消药品加成后的运营补偿是公立医院改革能否成功的关键，也是政府的重要职责。另一方面，政府应对公立医院内部运行管理“松绑”，除对体现公益性、医疗质量和医疗安全等指标严格监管外，应赋予和充分尊重公立医院独立的法人地位，使其充分享有决策权、人事权、分配权。
全国人大代表高广生说，公立医院改革要解决好长期债务问题。据了解，截至2014年年底，全国8677所公立医院长期负债合计2333亿元，其中地市以上医院占52%、区级医院占9%、县级医院占39%。随着改革的深入，药品加成逐渐取消，公立医院偿债能力也同时下降。建议中央制定政策，统一由政府化解债务，保证公立医院在我国医疗卫生事业中的主体地位和健康发展。
国务院关于深化医药卫生体制改革工作进展情况的报告指出，医改以来，全国财政医疗卫生累计支出4万亿元，其中中央财政支出累计1.2万亿元，有力支持了医改各项重点工作。对此，全国人大常委会委员郑功成说，他也注意到医保基金支出成倍增长，但是人们的获得感确实不够，浪费现象、低效现象在某种程度上不仅没有得到遏制，反而在恶化。
全国人大常委会委员严以新说，关键问题在于总的医疗费用大幅增加，导致个人实际支出费用不降反升。统计资料显示，2013年和2008年相比，人均住院费用增长60%，人均一次门诊费用增长45%，整个医疗费用上涨速度非常快。
“核心问题是医疗、医保、医药三医之间不联动，各行其是。如果不推进三医联动综合改革，付出的代价还会更高昂。”郑功成建议，由国务院出面组织开展三医联动市级综合改革试点。