我国是世界上自然灾害最严重的国家之一，尤其是农业风险给我国带来了巨大的损失。农业保险作为一种重要的风险保障制度，可以有效地防范农业风险，保障农业的可持续发展。对此，党的十八届三中全会审议通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》明确提出“完善保险经济补偿机制，建立巨灾保险制度”。
当前，建立巨灾保险制度对于农业来说更是迫在眉睫。这是因为农业是“露天工厂”，严重的自然灾害几乎会使所有农业品种受损。在农业生产规模化、产业化的新形势下，重特大自然灾害日益成为严重影响现代农业可持续发展、农民增收与农村稳定的因素。与此同时，随着我国农险规模不断扩大，一次重特大自然灾害带来的超额赔付，都可能给农险经营机构带来难以承受的损失，因此，建立农险大灾风险分散机制对保险行业而言也是迫在眉睫。
据保监会公布的资料显示，2012年，农业保险保费收入240.6亿元，同比增长38.3%，为1.83亿户次提供了9006亿元风险保障，向2818万受灾农户支付赔款148.2亿元。因此，应以农业保险为切入点，先行建立农险巨灾风险基金，主要用于共保体抗击重特大自然灾害造成的农业保险损失，补偿共保体偿付能力不足部分，以此提高被保险人生产自救能力。
就目前而言，我国在农业巨灾风险管理制度建设中，不仅要重视地方层次，更要重视中央层次，有了中央一级的巨灾风险管理制度，局部地区的农业保险经营风险就能在全国范围内分散，各地农业保险的经营水平和可持续性也将大大提高。而从国外经验来看，建立这种地方层级和中央层级的农业保险巨灾风险管理制度，中央财政和省级财政应当作出较多贡献，例如中央政府提供再保险、建立巨灾风险准备基金，或者允许各省或保险公司使用市场融资机制等。除了这种制度供给外，还要从资金上予以支持。这些要点不具备，农业保险巨灾风险管理制度的建立和完善就不可能落实。
现实中，我国应如何建立农业巨灾保险制度呢？具体思路是，应该在国内农业保险基本架构和组织体系的基础上，重点完善几方面的工作。首先是建立省、中央两级农业保险大灾风险准备基金，支付再保险限额之上的赔款。其中，保险及再保险公司承担赔付率150%内的赔偿责任；该限额之上至赔付率250%至300%的，由省基金支付；再往上至赔付率500%的，由中央一级的大灾基金支付。但不论哪一级基金，都要符合有限赔偿的原则。然后要落实费率差异化原则。为了避免地方财政在巨灾框架中“一方贴补另一方”，开展业务的公司要注意根据当地风险状况，实行精细化、差异化的产品费率。还有税收方面的优惠。农业巨灾保险本身是一种政策手段，大多数国家对农业巨灾保险，主要是农作物保险经营都实行免税。
此外，要完善管理费和保险费补贴。几乎所有举办农作物保险的国家，都是由政府负担全部或大部分经营管理费，保险费由政府补贴也很普遍。在发生重大灾害后，农业保险准备金积累不足以支付赔款时也应得到政府的支持。