医疗保险管理信息系统以提高医疗保险信息管理效率及科学决策为目的，以医疗保险信息的收集、传递、贮存、加工维护为主体。医疗保险管理信息系统可监测医疗保险运作情况，利用数据预测未来，辅助医疗保险管理机构进行决策，利用信息控制医疗保险运行，帮助医疗保险机构达到规划目标。
医疗保险管理信息系统主要包含数据处理功能及管理功能两部分。
一、数据处理功能。指对医疗保险管理过程中的原始数据进行收集传递、加工、贮存及输出，以提供应用和查询。
1．数据收集功能：是对原始数据的收集，也就是把不同时间和不同管理层次上分散的原始数据集中起来，并通过设备将原始数据输入计算机。数据收集是整个数据处理的基础，其工作质量是HIMIS能否正确发挥作用的关键。
2．数据传递功能：是将数据或信息从一个子系统向另一个子系统、以及在不同管理层间的传送。数据传送速度和准确度是系统的重要功能。
3．数据存储功能：是将原始数据及加工后所得的各种信息存储起来，供以后使用。在这里不但要注意存储数据或信息的介质，还要注意其存储的组织方式（例如逻辑关系）等问题，这样才能有效地提高HIMIS的工作效率及安全性。
4．数据加工功能：对进入HIMIS中的各种数据进行分类、合并、汇总、统计计算，从而产生满足不同管理层次需要的有用信息。对数据加工处理是HIMIS的核心功能，系统的加工处理水平越高，越能满足不同管理层次对信息的需求。计算技术水平的提高、数学模型及计算方法的发展，使HIMIS大大提高了数据加工处理能力。
5．输出信息功能：HIMIS根据用户的不同需要，以不同形式将信息提供给用户。输出信息是否易读易懂，直观醒目，会直接影响到HIMIS的使用效果和功能的扩展。
二、管理功能。指用来管理医疗保险业务过程的活动，表现在以下几个方面。
1．控制功能：对医疗保险管理中每一个过程、环节及具体工作的运行情况进行监测、检查，比较计划与执行的偏差，根据比较分析结果对管理工作进行控制，以达到预期的目的。
2．预测功能：根据过去的数据，运用各种数学方法及模型，预测将来医疗保险参保人健康及保金筹集和支付等情况。
3．决策功能：对医疗保险不同管理层次提供不同内容的报告，运用数学模型等方法提出各种决策方案，协助管理层做出医疗保险管理组织的决策、规划和管理办法。