住房公积金贷款与商业性个人住房贷款之间的主要区别如下：
一、住房公积金贷款利率比商业银行住房贷款利率低
五年(含五年)以下公积金贷款年利率为 3.6% ，商业银行同期个人住房贷款利率为 4.77% ;五年以上住房公积金住房贷款年利率为 4.05% ，商业银行同期个人住房贷款利率为 5.04% 。
二、贷款额度有所不同
一般的金融机构发放的住房抵押贷款的最高贷款额不得超过总房价的80%，而住房公积金贷款都规定了最高限额及限制比例，根据所购住房性质不同，住房公积金贷款可以贷到房屋总价的 95% 或 90% ，并根据实际情况进行时时调整。
三、贷款对象的条件要求不同
公积金贷款对象需要是公积金系统公积金缴存人;商业住房贷款不需要是公积金缴存人。
四、对贷款人年龄的限制不同
一般来讲商业银行个人住房贷款有年龄上限;而公积金住房贷款没有年龄的限制。
五、贷款的担保方式不同
商业银行贷款一般是在房产证抵押登记前采用开发商阶段性连带责任保证担保方式，在抵押登记后采用抵押的担保方式;公积金贷款担保方式主要是北京市住房贷款担保中心所提供的连带责任担保。
六、所需要费用不同
商业银行住房贷款一般需要律师费用、保险费用;北京市住房贷款担保中心办理住房公积金住房贷款一般只需要担保费和评估费。
七、对单笔贷款最高额度规定不同
一般来说，商业银行住房贷款对单笔贷款最高额度没有规定;而公积金贷款目前最高只能够贷 40 万。
八、贷款手续不同
公积金贷款必须先到住房资金管理中心进行申请，接受住房资金管理中心的初审，初审合格后由住房资金管理中心出具证明，方可办理公积金贷款。因此公积金贷款的手续较一般住房贷款的手续更为复杂。商业贷款在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理。
九、贷款利率不同
公积金贷款的利率由人民银行规定，区别于商业银行贷款基准利率。
十、住房公积金贷款需要担保
部分地区主要以住房置业担保公司提供反担保的方式，职工需要交纳担保服务费，部分地区则采用保险公司提供的保险方式，此外，还有有价证券质压、公积金帐户余额担保等方式。住房公积金管理机构发放的住房抵押贷款的对象是缴存住房公积金的在职职工和汇缴单位的离退休职工(并不是每个公积金管理中心都对离退休职工发放公积金贷款的)，其贷款的对象必须具备下列条件：持续缴存6个月住房公积金或已累计缴存24个月以上且目前还在继续缴存。
具有稳定的职业和收入，有偿还贷款本息的能力。具有购买住房的合同或有关证明文件。提供住房资金管理中心及所属分中心、管理部同意的担保方式。符合住房资金管理中心规定的其他条件。以上条件每个地方的住房公积金管理中心不尽相同,以当地政策为准！一般的金融机构发放的住房抵押贷款对象应是具有完全民事行为能力的自然人，即不限于住房公积金的缴存人和离退休职工，也就是说其对象的范围大于前者。