南京市政府印发关于《南京市城镇职工基本医疗保险市级统筹实施办法》的通知，此次统筹实施包含玄武区、秦淮区、建邺区、鼓楼区、栖霞区、雨花台区、原大厂地区、原浦口区(简称“市本级”)，以及江宁区、原江浦县、原六合县、溧水区、高淳区(简称“五区”)，要求南京全市职工医保参保范围、缴费基数、缴费比例、缴费办法等实行统一的政策和标准。该实施办法自2016年1月1日起执行，其中溧水和高淳两区缴费基数从2016年7月1日起按南京市统一政策执行。
南京市全市职工医保基金实行市级财政专户管理。“五区”征收的基金收入全额缴入南京市社保基金财政专户。南京市统一编制基金预、决算，下达“五区”年度收支计划。南京市社会保险管理中心根据市级预算，对“五区”经办机构申报的月度资金使用计划进行审核汇总后，统一向南京市财政部门申报拨款。
建立市、区两级政府对基金的风险共担机制。一个预算年度内，“五区”完成年度收支计划的，基金收支缺口由市医保基金补足;未完成年度收支计划而形成的计划外基金收支缺口，由同级政府负责补足。
“五区”纳入市级统筹前的基金收、支、余及债权、债务等情况，需要经南京市审计部门专项审计确认。基金市级统筹前形成的债权、债务和基金缺口，由各区政府负责清偿和弥补。基金市级统筹前的历年结余，按市审计确认金额统一归缴南京市社保基金财政专户。统筹后南京全市统一技术标准和信息交换标准，建立集中统一的基础资源数据库，实现经办业务关联融合和信息实时共享。