城乡分割的户籍登记制度即将取消，但城乡不同医疗保险制度间的分割仍然存在，由此导致的重复参保问题也未能解决。
有统计数据显示，新农合、城镇居民基本医疗保险、城镇职工基本医疗保险三大制度的全国重复参保率目前在10%左右。专家表示，超过1亿人重复参保，一方面增加了居民缴费负担，另一方面每年财政无效补贴超过200亿元。
近期一份机构调研显示，目前基本医疗保险重复参保率一般在10%以上，如果按重复参保率10%至15%估算，每年财政无效补贴超过200亿元。
人力资源和社会保障部相关负责人就此对《经济参考报》表示，重复参保率数据属于内部掌握不对外公开。但该负责人对于10%的重复参保率数据也未予否认。
事实上，关于重复参保问题，地方层面并不讳言。山东省在通报城乡基本医保并轨的进展情况时曾表示，在新农合与城镇居民医保合并前，山东省各地都存在重复参保现象，而因此带来的财政重复补贴每年就近20亿元。
重复参保的情况确实存在，这恐怕也是一个全国性的问题。河南省卫生计生委农卫处处长王耀平对《经济参考报》表示，从河南情况看，部分群众在参加新农合的同时也参加城镇居民医疗保险，出现重复参保、重复报销的现象。
根据审计署的全国社会保障资金审计结果，部分险种间存在重复参保和转移接续困难问题。截至2011年底，112.42万人重复参加企业职工基本养老保险、新农保或城居保，1086.11万人重复参加新农合、城镇居民或城镇职工基本医疗保险，造成财政多补贴17.69亿元，9.57万人重复报销医疗费用1.47亿元。
根据此前的数据统计，(全国参与三项基本医保的)13亿人中大概有1亿人是重复参保的。中国社科院经济所公共政策研究中心主任朱恒鹏表示，这呈现三个重复的特点，即居民重复参保、财政重复补贴、重复建设经办机构和信息系统。
随着人员的流动的增加，传统的医保管理体系正受到冲击。比如一个人在A村参保新农合之后，在A地享有(医保)，但在B城市工作，也参保了城镇职工医疗保险。又比如，农村户籍的学生在城区学校参加了城镇居民医保，在家又以户为单位参加了新农合。中央财经大学社会保障研究中心主任褚福灵对《经济参考报》表示，按照相关规定，新农合参合人员参加城镇职工基本医疗保险后，应退出新农合。不过，由于缺乏监管和激励机制，参保人退保积极性不高。
也有业内人士透露，重复参保的情况在东部地区、处于城镇化过程中村镇更加明显。有人在医保报销时，利用制度漏洞，通过农民和职工两种身份，重复报销，重复获益，大部分人不愿意退保。而从扩大资金规模的角度考虑，村里也不愿意让村民退出。
不过，由于国家财政、地方财政对于新农合、城镇居民医疗保险都有扶持。在这种情况下，如果出现重复参保，国家补贴需要重复补贴，明显增加了各级财政的不合理负担。