(1)应将基本医疗保险收入纳入财政专户管理，实行收支两条线，医疗保险经办机构根据社会医疗保险基金财务制度设立基本医疗保险收入户、基本医疗保险支出户，分别记账，并设医疗保险基金财政专户，由财政部门管理，在劳动保障部门、财政部门、金融部门之间形成完善的制约机制，确保基金的安全完整。
(2)医疗保险经办单位的事业经费不得从保险基金中提取，由各地财政预算解决，目的是从制度上保证基金的安全和完整，避免任何单位、个人挤占挪用基金，也确保了医疗保险经办机构的正常运转和医疗保险事业的健康发展。
(3)做好基金的财务预算，医疗保险经办机构每年参照上一年度医疗保险基金预算执行情况和本年度医疗保险基金收支预测，根据收支平衡的原则编制医疗保险基金预算，报经同级财政部门审核批准后，列入政府财政预算。年度终了，要编制基金收支决算，报经同级财政部门审核批准后，列入政府决算。医疗保险基金的收、付必须通过财政专户，收入户只收不支，支出户除由财政专户拨入外只支不收，及时按照以收定支、收支平衡的原则向财政部门编报医疗保险基金支出计划，从制度上加强基金财务管理，防止挤占挪用，提高资金使用效率，同时为以后的基金运行平稳和科学管理提供科学依据。
(4)建立起基金监督检查机制，劳动保障部门是医疗保险工作的主管部门，首先要承担起对各级医疗保险经办机构的监督责任，对基金的筹集、支付和管理过程以及经办机构执行财经纪律的情况进行监督;财政部门要对基金的财务预算、决算及其执行情况进行监督;金融部门要对基金的筹集、支付、存储及保值过程进行监督;审计部门或审计机关授权的社会单位定期对基金的收支情况、基金运营情况和保险经办机构的财务收支情况进行审计，进而促进基本医疗保险管理制度的建设，加强医疗保险基金管理。