1.按服务项目付费
按服务项目付费是最简捷的医保费用支付方式，也是运用较早、较广泛的支付方式，是医疗保险经办机构协议定向医院按服务项目支付费用的结算方式，属于后付制。
2.总额预付制
由医保机构与定点医疗机构协商后确定某一定点医疗机构一年的总额预算(也可以是一季度的总预算)，医保机构在支付该定点医疗机构医疗费用时，不论实际医疗费用支出多少，都以这个预算数作为支付的最高限度，来强制性控制支付，而定点医疗机构对保险范围中的所有参保人员必须提供规定的医疗服务。
3.按服务单元付费
医保机构按预先确定的住院床日费用标准支付住院病人每日的费用，按预算规定的每次费用标准支付门诊病人费用。同一医院所有病人的每日住院或每次门诊费用支付都是相同、固定的，与每个病人每日或每次治疗的实际花费无关。
4.按人头付费
又称为平均定额付费，首先由医疗保险机构制定每一门诊人次或者每一住院人次的费用偿付标准，然后医疗保险机构根据医院实际提供的服务人次(门诊与住院人次)向医院支付医疗费用。这种付费方式也是属于预付制的一种，医院的收入随着病人数的增加而增加。
5.按病种收费
又称为按疾病诊断分类定额预付制，是根据国际疾病分类标准将住院病人的疾病按诊断分为若干组，分别对不同级别定价，按这种价格向医院一次性支付。
.