2009年，南京市各级财政进一步加大对新型农村合作医疗投入力度，提高新型农村合作医疗的保障水平。一区两县农民人均筹资标准为180-200元，其中市级财政补助标准提高到66元。
其他区县为200-250元，其中市级财政补助标准提高到35元。市级财政共计安排新型农村合作医疗1.04亿元，比去年增长了21%。
全市参合农民195万人，其中：农村五保、低保和重点优抚对象等共计9.11万人的个人缴费部分由市和区县两级财政负担，无障碍参加农村合作医疗。
2009年新农合筹集资金达4亿元，各区县均不同程度地提高了参合农民的医疗保障水平，同时，基本实现了网络结算、及时报销，让农民得到更大实惠。