流动就业人员基本医疗保险关系转入深圳时如在一定时间段有重复，连续参保年限以在深圳缴纳的年限为准，同时只要在深圳的医保个人帐户中有余额就可以办理转出手续。8月16日，深圳市社保局公布了流动就业人员基本医疗保险关系申请转出转入的须知。三个月时效内两地医保参保年限合并计算须知规定，流动就业人员基本医疗保险关系申请转入的条件为未达到法定退休年龄，在异地就业回本市参加医疗保险的深户人员；未达到法定退休年龄，在我市就业并已按规定参加我市各项社会保险的非深户人员。
办理医疗保险关系转入需提供的材料包括：《深圳市参保人基本医疗保险关系转移接续申请表》、身份证原件、社会保障卡原件或参加社会保险的个人社保电脑号。深圳市社保局表示，申请人在转出的有效医疗保险关系的最后一个月与在深圳有效医疗保险关系的第一个月有三个月时效，超过三个月时效的，按照《流动就业人员基本医疗保障关系转移接续暂行办法》的有关规定，申请人的两地医保参保年限不能合并计算连续参保年限；在三个月时效内的，申请人的两地医保参保年限合并计算，按照《深圳市社会医疗保险办法》的有关规定，重新计算有效连续参保年限。此外，两地基本医疗保险关系如在一定的时间段内有重复部分，连续参保年限以在深圳缴纳的年限为准。
深圳市社保局提醒，在深圳新就业的人员应尽快办理转入医疗保险关系手续，如果没有及时转入，将会影响在深圳市的医疗保险待遇。在深医保个人帐户有余额的可办理转出对于流动就业人员基本医疗保险关系转出，须知规定，转出申请条件为在深圳市已参加基本医疗保险（含综合医疗保险、住院医疗保险、农民工医疗保险）并有缴费记录的参保人员；在深圳市医疗保险个人帐户有余额的参保人员，以上两个条件只要其中之一符合即可办理。办理社保关系转出需提供的材料包括：《深圳市参保人员基本养老保险/基本医疗保险转出申请表》；身份证原件；社会保障卡原件；参保人员离职证明。
深圳市社会保险个人服务中心、我市社保机构的所有征收窗口均可办理转出，如参保人申请医保关系转出，同时有住房公积金个人帐户金额，属罗湖、福田、南山、盐田区的到市社保局个人服务中心办理，属宝安、龙岗、光明、坪山的到相应的社保分局、社保站转保窗口办理。