如果只准备前往某一个特定的申根国家(意指申请签证时只能提供前往该国的行程证明)，必须向这个国家的驻外机构申请签证；想要在多个申根国家逗留，原则上必须根据提交的行程去停留时间最久的国家(主要停留国家)的驻华使领馆申请签证；在无法确定主要停留国家的情况下，可以申请首先入境国家的签证。
根据普遍的经验，申请停留时间最久的国家的签证这一点非常重要，否则很可能导致使领馆直接直接拒绝接受申请。申根签证的申请颁发有以下几种1）只前往某一成员国，应申办该国的签证，即国别签证。国别签证只能入、出签发国有效，不能从别的申根国家过境而进入签发国，否则应申办申根签证。签证上的停留天数只在签证有效期内停留有效；2）过境一成员国或几个成员国前往另一成员国，应申办另一成员国（入境国）的签证；3）前往几个成员国，应申办主要访问成员国或停留时间最长的成员国的签证，无法确定主访国时，申请往访的第一个国家的签证；4）前往法国、荷兰、葡萄牙等国的海外领地或托管地者，仍应向所属国家申办签证；5）途经或访问多个申根国家需填写行程，即所访国家及路线详情和停留时间表，提供往访国家的邀请信；申请哪个国家的签证，就使用那个国家的签证申请表，必要时受理国可要求提供附加材料。申根国家有时也发本国签证，这种签证只能前往该国，不能前往其他申根国家；签证上的停留天数只在签证有效期内停留有效；6）超过90天的长期签证仍由所在国自行审发，已持有一成员国长期居留证者，凭有效国际旅行证件件无需办理签证，可自由进入任何成员国，其停留期不得超过3个月；7）只办一次入境有效的申根签证，只能在有效期内在申根国家区域内旅行，不能中途转机去非申根国家后又返回申根国家；8）申根协定对常驻外交、公务人员未作明确规定，由各国自行办理。
协定名单申根协定把申根成员国之外的国家分为正名单、灰名单和负名单。1、正名单是指所有申根成员国和其他免办签证的发达国家，共30个国家；2、灰名单是指一部分成员国要求，而另一部分成员国不要求签证的国家，共20个国家，对灰名单国家是否要求申办签证由各成员国自定。