现阶段，农民工面临的权益问题已引起党中央、国务院的高度关注，提出了公平对待、合理引导、完善管理、搞好服务的方针。但从现实中总的来看，农民工的社会保障尤其是社会医疗保险方面仍然面临着很多问题，关于农民工的医疗保险制度及有关政策规定，目前为止还不适应统筹城乡经济社会发展的要求，不适应完善社会主义经济体制的要求，不适应构建社会主义和谐社会的要求。
因此，解决农民工的医疗保险问题是一个涉及整个社会的社会保障体系完善的战略问题，这不仅是直接关系到从根本上解决三农问题，也关系到工业化、城市化的健康发展，更加关系到实现社会公平、公正与和谐。
农民工已成为经济社会中不可或缺的组成部分，对我国经济社会持续协调发展具有重要影响。政府及地方各级有关部门必须立足于改革、发展、稳定的全局，充分认识在建设小康社会和实现现代化进程中对于解决好农民工的医疗保险问题的重大意义，进一步明确地解决农民工问题的战略思路。
继续深化医疗保险体系改革，制定农民工医疗保险制度
目前，我国还没有完善地制定出一套统一的农民工医疗保险的政策与法规，各级地方政府应该根据当地的实际情况认真开展调查研究当地农民工实情，包括他们的居住环境、工作条件、日常生活等方面，尽快制定出适合农民工参保的医疗保险制度，与城镇职工基本医疗保险制度同步，农民工的医疗保险管理工作应该由各级劳动保障部门负责，结合城镇职工基本医疗保险制度的实施情况来制定与改善，继续深化医疗保险制度改革的思路，探索和建立医疗保障制度体系，如改革医疗卫生制度与医药供销体制，构建医疗保障的管理服务网络。
可针对农民工的高流动性建立由中央统一管理的农民工社会保障体制，按农民工身份证号码建立具有唯一性的农民工个人社保卡账户，一卡在手，全国通行，以适应农民工频繁流动、跨地区转移和接续社会保险关系的需要。同时地方政府要坚决贯彻落实国务院关于做好外来务工人员的就业管理和服务工作的通知，加强执法和监管工作，把农民工在城区务工的合作医疗纳入轨道，想农民工之所想，做农民工之实事，真正为人民服务。