根据《意见》，公立医院改革将探索建立以理事会等为核心的多种形式的公立医院法人治理结构，形成决策、执行、监督相互制衡的权力运行机制。要建立以公益性为核心的公立医院绩效考核管理制度。
试点改革还将完善政策措施，鼓励社会力量举办非营利性医院。另外，在区域卫生规划和医疗机构设置规划中，要给非公立医院留出足够空间。非公立医院在医保定点、科研立项、职称评定、继续教育等方面，与公立医院享有同等待遇；在服务准入、监督管理等方面一视同仁。政府可采取购买服务的方式由非公立医院承担公共卫生服务和公共服务。