具体修改内容如下：
一、第十三条修改为：税法第四条第三项所说的按照国家统一规定发给的补贴、津贴，是指按照国务院规定发给的政府特殊津贴、院士津贴、资深院士津贴，以及国务院规定免纳个人所得税的其他补贴、津贴。
二、第十八条修改为：税法第六条第一款第三项所说的每一纳税年度的收入总额，是指纳税义务人按照承包经营、承租经营合同规定分得的经营利润和工资、薪金性质的所得；所说的减除必要费用，是指按月减除1600元。
三、增加一条，作为第二十五条：按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
四、第二十六条改为第二十七条，修改为：税法第六条第三款所说的附加减除费用，是指每月在减除1600元费用的基础上，再减除本条例第二十九条规定数额的费用。
五、第三十五条改为第三十六条，修改为：纳税义务人有下列情形之一的，应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报：
（一）年所得12万元以上的；
（二）从中国境内二处或者二处以上取得工资、薪金所得的；
（三）从中国境外取得所得的；
（四）取得应纳税所得，没有扣缴义务人的；
（五）国务院规定的其他情形。
年所得12万元以上的纳税义务人，在年度终了后3个月内到主管税务机关办理纳税申报。
纳税义务人办理纳税申报的地点以及其他有关事项的管理办法，由国家税务总局制定。
六、增加一条，作为第三十七条：税法第八条所说的全员全额扣缴申报，是指扣缴义务人在代扣税款的次月内，向主管税务机关报送其支付所得个人的基本信息、支付所得数额、扣缴税款的具体数额和总额以及其他相关涉税信息。
全员全额扣缴申报的管理办法，由国家税务总局制定。