通知提出，全国试点县2006年数量达到全国县总数的40%左右；2007年扩大到60%左右；2008年在全国基本推行；2010年实现新型农村合作医疗制度基本覆盖农村居民的目标。
通知提出，各地要不断完善合作医疗资金筹集和监管机制；科学合理制定和调整农民医疗费用补偿方案；加强合作医疗管理能力建设；进一步解决好贫困农民的看病就医问题，要建立和完善农村医疗救助制度，做好与新型农村合作医疗制度的衔接；加强农村医疗服务监管；继续加强农村药品监督和供应网络建设；加快推进农村卫生服务体系建设，各级政府要集中力量在每个乡镇办好一所公立卫生院，并由县级政府统一管理；加强对新型农村合作医疗的组织领导。同时，加强农村基层医疗卫生队伍建设，建立城市卫生支援农村的长效机制，城市医生晋升主治或副主任医师之前，必须在县或乡医疗机构累计服务满1年。城市医疗卫生机构新录用的大学毕业生，在获得医师执业证书后分期分批到农村医疗卫生机构服务1年，服务期限可以计算为城市医生在晋升主治和副主任医师前必须到农村服务的时间。
据了解，从2006年起，中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民由每人每年补助10元提高到20元，地方财政也要相应增加10元。财政确实有困难的省、自治区、直辖市，可在2006年、2007年分别增加5元，在两年内落实到位。地方财政增加的合作医疗补助经费，应主要由省级财政承担，原则上不由省、市、县按比例平均分摊，不能增加困难县的财政负担。农民个人缴费标准暂不提高。同时，将中西部地区中农业人口占总人口比例高于70%的市辖区和辽宁、江苏、浙江、福建、山东和广东六省的试点县纳入中央财政补助范围。