随着新型农村合作医疗制度建设的不断完善，农村基本医疗保障制度进一步加大，双鸭山市农民参合率已达到99.81%。
据介绍，在推进新型农村合作医疗制度建设中，双鸭山市完成了由单纯住院补偿到“住院补偿+门诊统筹+慢病补偿+大病补偿”的转变。通过推广医疗保障“一卡通”，实现了即时结报，最高保障支付金额达到5万元，全市医疗保障政策性补偿比例已达到70%以上。
该市还将国家基本药物目录纳入新农合报销目录，报销比率高于非基本药物。在实行基本药物和开展门诊统筹的乡、村两级医疗机构实施一般诊疗费（挂号费、诊查费、注射费），一般诊疗费由新农合按每人10元拨付。此外，将儿童白血病、儿童心脏病、残疾人康复项目、重症精神病的救治工作纳入特殊疾病救治范畴，开展特殊疾病补偿工作，并将市区新农合参保残疾人康复项目补偿比例提高到50%。
自2007年新农合制度启动实施以来，该市已累计发放新农合医疗补偿金3559.3万元，受益农民达4.76万人次。