通知中强调，医保基金必须专款专用，切实用于保障参保人员的基本医疗需求。不得改变医保基金的性质和用途，不得用医保基金直接补助或变相补助医疗机构实行零差率后减少的收入。
通知还指出，应完善付费方式，逐步转变单一付费方式，积极探索完善按人头、按病种、按总额预付等多种支付方式。在实行其他付费方式时，要根据当地以往实际发生的医疗费用水平进行测算，通过谈判的方式合理确定支付标准。