农民参加大病统筹重大疾病保险仍存在着以下三个方面问题：
1、参保农民受益面较窄
以某市为例，该市保险公司规定了可以获得理赔的12个病种，但是在现实生活中，多数农民患病常在这12个病种之外，虽然医药费用较高，仍然得不到补偿。
2、统筹资金未能全部用于参保农民
仍以该市某保险公司为例，截止2004年12月底，参保人员缴纳给保险公司的统筹基金共63郾29万元，而赔付给因发生重大疾病及意外伤害的资金仅为24郾5万元，只占大病统筹资金总额的38郾7%，资金结余部分按协议，留给了保险公司。
3、保险公司诚信度有待提高
在审计时，笔者发现，在宣传时，保险公司承诺无免赔期，而在实际操作时，提出有两个月免赔期(即在参保后两个月内患有重大疾病不予理赔)，并且不肯支付返回给乡镇、街办的调节金，使保险公司的诚信度大打折扣。
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