个人缴费
首先，各统筹地区要确定一个适合当地职工负担水平的个人基本医疗保险缴费率，一般为工资收入的2%。其次，由个人以本人工资收入为基数，按规定的当地个人缴费率缴纳基本医疗保险费。个人缴费基数应按国家统计局规定的工资收入统计口径为基数，即以全部工资性收入，包括各类奖金、劳动收入和实物收入等所有工资性收入为基数，乘以规定的个人缴费率，即为本人应缴纳的基本医疗保险费。第三，个人缴费一般不需个人到社会保险经办机构去缴纳，而是由单位从工资中代扣代缴。
建立账户
按照《国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》（国发［1998］44号）的规定，个人帐户的注入资金来自于个人缴费和单位缴费两部分：个人缴费的全部记入个人帐户，单位缴费的一部分记入个人帐户。单位缴费一般按30%左右划入个人帐户。但由于每个年龄段职工的医疗消费支出水平存在很大差别，因此在统筹地区确定单位缴费记入每个职工划入帐户比例时，要考虑年龄因素，确定不同年龄档次的不同划入比例。确定单位缴费划入个人帐户的具体比例，由统筹地区根据个人帐户的支付范围和职工年龄等因素确定。统筹基金的注入资金主要来自单位缴费部分。单位缴费用于划入个人帐户后剩余的部分即为统筹基金的资金。
账户处理
职工个人医疗保险帐户的本金和利息均归职工个人所有，可以结转使用和继承。因此，参加基本医疗保险的职工死亡后，其个人医疗帐户仍有余额的，可作为遗产，由其亲属按《继承法》规定实施继承。同时，其个人医疗帐户台帐、《职工医疗社会保险手册》由医疗社会保险机构收回注销。