住院医疗费用报销起付标准又称起付线，是指统筹基金支付前按规定必须由个人负担的医疗费用额度，也就是通常所说的统筹基金支付的门槛。最高支付限额是指统筹基金支付的上限，即统筹基金支付范围的封顶线。《国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》规定，基本医疗保险的起付标准为职工平均工资的10%左右。最高支付限额为职工平均工资的6倍。对同一医疗保险年度内二次以上住院的职工予以适当照顾，第二次住院起付标准为首次的50%，超过封顶线以上费用，统筹基金不再支付。
统筹基金起付标准原则上控制在当地职工年平均工资的10%左右，是结合我国国情和各地经验提出的。从近几年各地实行大病医疗费用社会统筹的执行情况来看，起付标准大多确定在当地职工年平均工资的5%至15%，起付标准以下的医疗费用个人一般都能承受，社会统筹部分的医疗基金也基本能够保证支付。
以北京市为例，目前北京市基本医疗保险统筹基金的起付线确定为1300元，封顶线为7万元。个人在一个年度内第二次及以后住院发生的医疗费用，起付线降为650元。在一个结算期内参保人员发生的医疗费用，按医院等级和费用数额采取分段计算、累加支付的办法。