一、适用人群不同。
城镇职工医疗保险的适用人群为城镇所有用人单位的职工，包括企业（国有企业、集体企业、外商投资企业、港澳台商投资企业、私营企业等）、机关、事业单位、社会团体、民办非企业等单位的职工。
城镇居民医保主要面对具有城镇户籍的没有工作的老年居民、低保对象、重度残疾人、学生儿童及其他城镇非从业人员；
二、缴费标准不同。
城镇职工医保由用人单位和职工个人共同缴纳，不享受政府补贴。城镇居民医保缴费标准总体上低于职工医保，在个人缴费基础上政府给予适当补贴；
三、待遇标准不同。
参加城镇职工医疗保险的职工可享受住院费用报销、统筹病种门诊费用报销以及用于支付门诊医疗费的个人帐户待遇，其报销比例较城镇居民医疗保险高一些。在职职工住院的费用，在扣除范围外费用以后，最低起付线以上至5000元的部分，按7 5 % 报销；5000元至10000元的部分按80 % 报销；10000元以上的部分按8 5 % 报销，退休人员相应提高10%；统筹病种门诊费用报销,在职职工为80%，退休职工为85 %。
参加城镇居民医疗保险的居民可享受住院费用报销和统筹病种门诊费用报销待遇。由于缴费费率较低，因此待遇也相对低一些。参保居民的住院费用报销，在扣除范围外费用以后，最低起付线（同城镇职工医保）以上的部分，按55 %报销，每个医疗年度最高可累计报销3万元。统筹病种门诊费用,在起付线（300元）以上的，按50%报销。
四、缴费要求不同。
城镇职工医疗保险设立最低缴费年限，达到缴费年限(男25年、女20年)的，退休后不再缴费即可享受基本医疗保险待遇；城镇居民医疗保险不设立最低缴费年限，必须每年缴费，不缴费不享受待遇。