12月14日，《国务院办公厅关于建立健全基层医疗卫生机构补偿机制的意见》（以下简称《补偿机制》）在中国政府网正式公布。这是继本月初鼓励社会资本兴办医疗卫生机构、建立和规范基本药物采购机制等文件发布之后的第三份深化医药卫生体制改革配套性文件。
《补偿机制》要求，在基层医疗卫生机构实施基本药物制度，要按照保障机构有效运行和健康发展、保障医务人员合理待遇的原则同步落实补偿政策，建立稳定的补偿渠道和补偿方式；同时坚持以投入换机制，大力推进基层医疗卫生机构综合改革，引导基层医疗卫生机构主动转变运行机制，提高服务质量和效率，发挥好承担基本公共卫生服务和诊疗常见病、多发病的功能。具体包括三方面内容：
第一，建立健全稳定长效的多渠道补偿机制。实行基本药物制度后，政府举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的人员支出和业务支出等运行成本通过服务收费和政府补助补偿。基本医疗服务主要通过医疗保障付费和个人付费补偿；基本公共卫生服务通过政府建立的城乡基本公共卫生服务经费保障机制补偿；经常性收支差额由政府按照核定任务、核定收支、绩效考核补助的办法补助。
第二，大力推进基层医疗卫生机构综合改革。明确基层医疗卫生机构功能定位，完善基层医疗卫生机构人事分配制度，建立基层医疗卫生机构的考核和激励机制，同步落实绩效工资制度，调动医务人员积极性，发挥医保对基层医疗卫生机构综合改革的促进作用。
第三，加大对乡村医生的补助力度。通过政府购买服务的方式对村卫生室进行合理补助。有条件的地方可以将实行乡村一体化的村卫生室纳入基本药物制度实施范围并落实补偿政策。对非政府举办的基层医疗卫生机构积极探索政府购买服务等方式进行补助。
同日，国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室负责人表示，为了调动基层医务人员的积极性，正在全国推进的基层医疗卫生机构补偿机制提出了一系列保障基层医务人员合理待遇水平的措施。这位负责人说，让群众得到实惠，让医务人员受到鼓舞是现行医药卫生体制改革的基本要求。《补偿机制》对基层医务人员待遇方面规定了多项具体措施，包括各地在推进医保门诊统筹工作中，可以将符合条件的村卫生室提供的门诊服务纳入新农合报销范围及开展新型农村社会养老保险试点的地区积极将符合条件的乡村医生纳入保险范围等。
据介绍，去年8月份以来，全国已有50％的基层医疗卫生机构实施了基本药物制度，实行药品零差率销售，彻底改变了基层医疗卫生机构以药养医的机制，明显减轻了群众用药负担，但同时基层医疗卫生机构出现了较大收支缺口。因此，必须同步落实补偿政策，建立稳定的补偿渠道和补偿方式，保证基层医疗卫生机构的平稳运行和发展，调动基层医疗卫生机构和医务人员的积极性，确保基本药物制度顺利实施。
从目前各地实际情况看，基层医疗卫生机构补偿存在的主要问题是补偿渠道、金额和方式不明确，多渠道补偿的长效机制尚未形成，调动积极性的绩效考核机制不健全等。国务院医改办公室在总结地方经验基础上，提出了相应的政策措施，形成了《补偿机制》初稿。12月6日，国务院第135次常务会议审议通过并正式印发各地执行。