中国社会科学院农村所社会问题研究中心主任、教授于建嵘最近在人民日报发表署名文章指出，农民工不能享受养老保险的根本原因，是长期存在的以户籍制度为核心的城乡二元结构。他指出，养老保险基金区域统筹是造成这一现象的直接原因。
在制度的制定者和执行者看来，这种不利于农民工的制度对地方政府是有益的。其一，因为农民工入保时，用人单位也要缴纳一部分，而退保时这部分拿不走，便都积累在地方政府手上。如果全国统一建立农民工养老保险，账户里的钱在全国范围内流动，地方政府的积极性就没有了。其二，劳务输入地政府常将农民工看成本地经济发展所需的工具。在金融危机或产业升级不需要他们的时候，农民工就会被视为负担。
有些地方甚至出台政策限制农民工自由流动。要改变这种现状，于建嵘认为离不开制度的创新。最紧要的是，尽快出台农民工养老保险跨地区续转的相关办法，保证农民工养老保险的自由流转。最理想的是，全国不分城乡、不分地域，建立统一的社会养老体系。
为此，需要协调解决农民工养老保险制度中的财政分账和激励机制问题。因为地方政府已在某种程度上成为利益主体，不仅和农民工进行博弈，也与中央政府进行博弈。要突破二元体制给农民工养老保险造成的刚性障碍，需要找到中央财政、地方财政、农民工、用人单位四方的利益平衡点。