以北京市海淀区为例，《北京市<海淀区新型农村合作医疗制度管理办法>实施细则》对这部分特殊人群的参保问题有详细规定，具体如下：
(1)具有本区农业户籍的持证残疾人参加新型农村合作医疗，由各镇(乡)合管办根据各镇(乡)残联提供的2009年11月30日前的残疾人名单组织参合，并将持残疾人参保名单提供给各镇(乡)残联，由镇(乡)残联将核实后的持证残疾人参保名单上报区残联，区残联将名单反馈给去区合管办。
(2)具有本区农业户籍的低保户、五保户参加新型农村合作医疗，由各镇(乡)合管办根据各镇(乡)民政科提供的2009年11月30日前的低保户、五保户人员名单组织参合，并将低保户、五保户参保名单提供给各镇(乡)民政科，由各镇(乡)民政科将核实后的低保户、五保户参保名单上报区民政局，区民政局将名单反馈给区合管办。
(3)具有本区农业户籍的优抚对象参加新型农村合作医疗，由各镇(乡)民政科统一组织到镇(乡)合管办办理参保手续，将参保人员名单报区民政局。
(4)同时具持证残疾人和低保户、五保户身份的参合人员，按照低保户、五保户途径对个人出资部分进行财政补助;同时具有持证残疾人和优抚对象身份的参合人员，按照优抚对象途径对个人出资部分进行财政补助;同时具有优抚对象和低保户、五保户身份的参合人员，按照优抚对象途径对个人出资部分进行财政补助。
(5)区民政局将全区参加新型农村合作医疗制度低保户、五保户人员的个人参保费用以及优抚对象的个人参保费用直接划缴入区新型农村合作医疗收入户;区残联将全区参加新型农村合作医疗制度持证残疾人的个人参保费用直接划缴入区新型农村合作医疗收入户。