目前，福建全省所有县(市、区)新农合已实现设区市范围内跨县市新农合定点医疗机构即时结报，但是仅少部分县(市、区)在福建全省范围内实现跨设区市即时结报。很多病人在省内异地就诊，但由于无法实现省内异地医保对接和患者费用及时结算、报销，广大患者多次往返办理报销手续，增加了经济负担。
教科文卫工委在调研报告中认为，上述问题的出现，主要是目前各地新农合多以县为统筹单位，各地需自行与异地医院签订协议方可将其纳入定点医疗机构。同时各地保障待遇不一致，异地医院医保结报信息系统还未针对不同县(市、区)的报销起付线、报销比例、报销目录等做出相应的配套或调整。
委员们建议，要进一步健全全民医保体系，按照全国人大在今年3月份通过的国务院机构改革和职能转变方案所提出的城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责，要整合由一个部门承接，建议适时实行全民医保省级统筹，实现风险共担。
此外，教科文卫工委经调研后认为，福建医改工作还存在着基层历史债务化解任务较重的难题。福建省医改办组织开展的基层医疗卫生机构债务清理化解工作，共确认债务3.92亿元。而福建省财政下达专项补助资金1.5亿元，约占核定总额的40%。委员们建议，要认真落实各项卫生投入政策，在投入不减的前提下，测算并保障需政府固定投入的财政兜底资金比重，切实保障医改所需资金。