为避免因缴费基数提高过快，造成一些区县属参保单位脱保、退保，我市允许部分区县利用三年时间将缴费基数逐步过渡到市级水平。实行市级统筹后，用人单位参保登记相关程序也进行了重新规范。
由市人社局、市财政局共同出台的文件规定，已参保的用人单位，继续在原市或区县医保经办机构办理。而对于新设立或新参保的用人单位，要按照相关属性选择相应医疗保险经办机构：
1.新城区、碑林区、莲湖区、雁塔区、未央区和灞桥区（简称城六区）行政区域内的下列单位在市医疗保险经办机构办理医疗保险手续：
⑴驻本市的部属及市级机关、事业单位（含大、中专院校）、社会团体；
⑵省属差额拨款、自收自支的事业单位、社会团体；
⑶中央、省、市属、部队企业（国有、集体、股份制企业）；
⑷外商投资企业；
⑸在省、市工商行政管理部门注册登记的民营、私营企业、民办非企业单位；
2.城六区区级党政机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位以及在区工商行政管理部门注册登记的企业、个体工商户，在各区医疗保险经办机构办理医疗保险手续。
3.驻长安区、临潼区、阎良区、高陵县、周至县、户县、蓝田县以及高新、经开等六区两基地的所有用人单位在驻地区县（开发区、基地）医疗保险经办机构办理。