日本医疗保险以其医疗险种多样、保障齐全、实行低保费高保障，实现了“国民皆保险”。
对于赴日留学生来说，只要在进入日本后办理外国人登录(户口登记)，就可以同时加入日本国民健康保险体系，享受医疗保险。保险费根据本人的年收入确定，大多数留学生的收入不高或无(奖学金不算在内)，因此基本上只需要负担很小的一部分，一年9000-13000日元。
在加入国民健康保险体系以后，留学生就可以到日本全国各地的大小医院(除极少特殊医院外)就医，只需支付30%的医药费。此外，许多学校还在30%的基础上替学生负担10%-20%的医药费。
留学生在入学后还会自动加入外国人留学生医疗费补助体系。留学生使用国民健康保险后，可以通过外国人留学生医疗费补助体系再次减免医药费。
此外，日本的多数大学，校内都有以学生医疗福利为目的的独自的医疗制度。
外国学生到日本后，可以到所属的区市役所的国民健康保险科申请加入，要带上外国人登记证明书，居留期间为一年持留学资格的人马上就可加入，对持“就学”资格的学生，会被要求提供“记有居留期间的在学证明书”。加入国民健康保险，原则上从到日本时算起。加入国民健康保险后，可向日本国际教育协会的外国人留学生医疗费补助提出登记。这样在实行健康保险的医院或诊疗所所付的治疗费中，才可获得保险诊疗范围内80%医疗费的追加补助。
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