自治区新型农村社会养老保险（以下简称新农保）实施方案出台后,我区首批参加新农保试点的13个试点县的实施方案也陆续出台。为维护我区新农保参保农牧民的合法权益,规范新农保基金管理,自治区财政厅会同人力资源和社会保障厅印发了《新疆维吾尔自治区新型农村社会养老保险基金管理暂行办法》（新财社[2009]359号）,对新农保基金管理的基本原则、基金筹集、基金支付、账户设置、基金决算等问题进行了明确规定。
试点阶段,新农保基金暂实行县级管理,随着试点扩大和推开,逐步提高管理层次。新农保与老农保在基金管理方面的主要区别在于,一是新农保基金纳入社会保障基金财政专户,实行收支两条线管理,单独记账、核算。县级社保经办机构要设立新农保基金收入户和支出户,县级财政部门要设立新农保基金财政专户。收入户和支出户可根据方便农牧民缴费和领取养老金的原则,在财政和人力资源社会保障部门共同认定的商业银行、邮政储蓄银行、农村信用社等金融机构设立。财政专户则要根据确保基金安全的原则,在财政和人力资源社会保障部门共同认定的国有商业银行设立。二是为保障参保农牧民的合法权益,新农保经办机构的工作经费由同级财政部门根据实际工作需要和有关经费开支标准合理安排,纳入财政预算,不得从基金中提取。
该办法的及时出台为自治区新型农村社会养老保险试点工作的顺利开展提供了制度保障,确保新型农村社会养老保险筹集资金安全运行。