医疗保险基金的缴纳有多种方式：固定保险费金额；与工资挂钩（按工资的百分比缴纳）；与收入挂钩（按个人收入的百分比缴纳,个人收入不仅仅是工资）；按区域缴纳（按各区域内基本卫生设施条件,确定几种保险费级别）等。
就目前世界各国的情况来看,医疗保险基金通常采用的缴纳方式是与工资挂钩,即工资税的方式。这种方式有许多优点：一是考虑了每个人的支付能力,使每个人都能支付得起医疗保险费；二是有利于控制医疗保险筹资与工资收入的相对水平,不至于过高或过低；三是有利于建立随工资水平变化而相应调整医疗保险筹资水平的自然调整机制；四是可以通过制定不同的税率进行收入的再分配,防止社会人群收入水平过度拉大。
在缴纳费用时,个人和用人单位可以按相同的比例缴纳,也可按不同的比例缴纳。一般而言,用人单位缴纳的保险费往往比个人缴纳的多。
为了体现公平性,各国一般都规定了医疗保险缴费工资的上下限,即当工资达到下限水平时,才开始计算应缴纳的保险费,而超过上限的工资,不再多收取保险费。
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