东莞市是市人民政府主管社会保障行政事务的正处级职能部门,内设13个职能科(室)：办公室、人事科、政策研究室、法制科退休人员社会化管理服务科、市劳动能力鉴定委员会办公室、信访科、基金监督科、监察支队。另设纪委派驻机构纪检组(监察室)。 社会基金管理中心系社会保障局的直属机构,为副处级事业单位,内设11个职能科：养老失业待遇核发科、医疗工伤待遇核发科、保险关系科、社区及定点医药机构管理科、基层管理科、计划财务科、信息科、稽核科、宣传与咨询服务科、档案管理科、管理科。
在各镇(街)设立社会保障分局和社会保险基金管理中心,为两块牌子、两套人员的合署办事机构,全称分别为 东莞市社会保障局XX分局 和 东莞市XX社会保险基金管理中心 ,实行市镇双重管理,以社会保障局管理为主,党(团)务工作由镇(街)负责管理。
社会保障分局局长、副局长分别兼社会保险基金管理中心主任、副主任。其中,当前东莞市委、市政府大力推进扩权强镇,拟逐步把众多市直部门在镇街的派出机构,人财物划转镇街管理,根据《关于印发 东莞市人事局扩权强镇试点工作实施方案 的通知》(东人发[2009]54号),石龙镇、塘厦镇作为试点镇,分局(含社保基金管理中心)以镇管理为主,社会保障局保留对分局的业务垂直管理关系。