建立一支稳定、高素质的管理队伍,是新农合工作稳步、健康发展,并迈向城乡并轨、城乡统筹必不可少的条件。建议针对经济条件、农业人口数量和城镇化进程的具体情况采取不同的政策。对五华、盘龙、官渡、西山、安宁、呈贡和晋宁七县区,新农合的管理人员和机构,可以探索和社会保障部门的医保中心合并,同时把进城务工、经商和上学的人口逐步纳入基本医疗保险,先行探索农村医疗保险与城镇医疗保险的并网；对宜良、石林、嵩明、富民、禄劝、寻甸和东川七县区则继续施行现行制度。不论是与城市医保合并,还是新农合单行,要把机构和人员配置到位,管理人员建议按十万人配置一人。
完善制度,切实加强对定点医疗机构的监管。目前新农合是政府主导型,政府不仅管政策、管融资、还直接管操作,同时还要搞监督。根据中国的国情,这在试点初期是需要的。但现在到了可以将农民参与决策和监督作为一个重要组成部分来考虑的时候了。农村卫生服务领域的三个主体——政府、卫生机构、农民之间如果出现利益严重失衡,其机制的内在作用就会诱导制度操作偏离预定目标。因此,要引导“农民代表”参与对供方的监督。同时,还可以利用老百姓的本土人力资源,弥补目前经办机构人员不足,无法监督或监督不到位的问题。特别是对村级医疗机构的监督,非常需要村民的参与。按目前的状况,靠乡卫生院的一两个兼职人员是很难完成的。同时,乡卫生院是新农合的定点医疗机构,这样既当运动员,又当裁判员是非常尴尬的,也是难监督好的。
在条件具备的自治县试搞新农合立法。保障新农合资金安全、合理使用、平稳运行、健康持续发展,问题的关键首先是要有法可依。