根据会议获悉，探讨公立医院应废除以药强医的思想，合理控制医疗费用，纳入深化医疗的目标。上海今年医疗改革将重点解决问题，包括公立医院如何摆脱毒品。目前有关部门和浦东新区正在研究具体方案；郊区今年１０月将建成开业的４家大型医院也将参加改革试点。根据医保等部门进行的前期初步测算，上海要破除以药养医机制资金缺口达３５亿元，扣除医保给付等因素，实际缺口达７亿元，试点将在测算的基础上积极稳妥推进。
此外，虽然上海市医疗费用的不合理增长已初步得到控制，但医疗费用仍然存在问题。如何进一步控制医疗费用已成为深化医疗改革的重大课题。一些医院热衷于允许病人自费使用药物、消耗品和设备。除了完善财务制度外，上海拟对消耗量比较大的自费耗材，由某医院发展中心牵头集中招标采购，控制成本、降低百姓就医费用。
据报道，2011年，上海市开始实施公立医院全额预付制改革，对遏制医疗费用的不合理增长起到了积极作用，使上海市医疗费用的年增长率由两年前的20%下降到两年前的20%以上。目前大约9%人。今后上海将创新完善医保制度，合理核定医保预付总额，防止出现推诿病人、大病小医等可能出现的负面影响，此外，还将探索单病种付费、按服务人口付费等先进的支付手段。
上海今年医改将在全面贯彻落实好国家医改总体要求和政策措施的基础上，坚持把基本医疗卫生制度作为公共产品向全民提供的理念等；加快健全全民医保体系、巩固完善基本药物制度和基层卫生机构运行新机制、积极推进公立医院改革三项重点工作。
根据介绍，上海按照保障基本卫生保健、加强基层组织、建立机制、打好基础、管理长远和可持续发展的基本原则，进一步推进基本公共卫生服务均等化，人均基本公共卫生支出超过50元。社区基本药物总价格下降39%。优化医疗资源配置，实施郊区大型医疗机构建设项目；长宁、徐汇、浦东等10个区开展了家庭医生服务试点；全面加强卫生信息化建设，实现了全市三级医院以及6个区的电子健康档案数据中心联网共享；积极推进公立医院改革，全面推行医保预付，调整医疗服务价格等。