医疗保险参保人员的报销程序如下：持新型农村合作医疗证书的参保农民在指定机构门诊就诊，直接到指定医疗机构就诊。根据《新型农村合作医疗制度证书》家庭门诊账户的现有金额，减免医疗费用，超出部分由参合农民自己支付。定点医疗机构应当及时向农业医疗机构结算。
参加农民在市、县、乡指定的医疗机构就医的，由指定的医疗机构直接给予补偿。对指定医疗机构发生的医疗费用，应当进行审查，并按照实施办法规定的标准预缴补助金额。
参加省定点医疗机构和非定点医疗机构住院的农民，由乡镇农业医疗机构给予补偿。住院医疗费用由乡（镇）农业医疗机构一次性报销2000元以下（含2000元）。报销金额必须经乡（镇）农业医疗机构2000元以上审批或者县农业卫生局批准方可报销。
申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。
对已参加了商业保险的参合农民和参加了学生医疗保险的在校学生，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民应先将住院发票原件和发票复印件先交农医所或县级定点医疗机构核对后予以补偿，再将住院发票原件到商业保险公司赔付。发票复印件由农医所或县级定点医疗机构保存，但外伤病人只能原件报销(学生除外)。
住院费用在出院后三个月内结算，超过三个月的，免予赔偿。按照实施办法，农业医疗机构应当在10个工作日内向参合农民支付标准补偿金。