据了解，被列入保障范围的三大疾病是指参加新型农村合作医疗的农牧民所患的严重精神疾病、乳腺癌、宫颈癌和其他恶性肿瘤，包括手术、放疗、化疗、终末期肾移植、透析三大疾病；这两种疾病是指参与新型农村合作医疗的农牧区，一岁以下儿童（包括14岁）患有先天性心脏病和急性白血病两种类型。
儿童先天性心脏病有15种，儿童急性白血病2例。三大疾病的住院费用按项目进行支付和补偿，控制起点、补偿比例和顶线，先天性心脏病患儿住院费用按项目进行控制和支付。控制单病种限额、起点、补偿率、限额标准，按单病种控制急性白血病患儿住院费用。通过定额控制系统对支付进行控制，实现起步线、补偿比例和顶线控制。
先天性房间隔缺损22000元，先天性室间隔缺损22000元，先天性动脉导管未闭12000元，先天性肺动脉瓣狭窄23000元，先天性动脉导管未闭和房间隔缺损27000元，先天性导管未闭翼状胬肉和室间隔缺损27例000元。
先天性动脉导管未闭合并房间隔缺损2.7万元，先天性动脉导管未闭合并肺动脉瓣狭窄2.8万元，先天性房间隔或室间隔缺损合并肺动脉瓣狭窄2.8万元，先天性房间隔缺损合并室间隔缺损2.8万元，先天性冠状动脉心脏瘘2.8万元，先天性房间隔缺损合并部分肺静脉畸形3.1万元，先天性部分型心内膜垫缺损3.1万元，先天性完全型心内膜垫缺损3.7万元，先天性法洛氏四联症4.2万元。
儿童急性白血病全程住院费用限额控制标准为，急性淋巴细胞白血病，标危组患儿控制在8万元以内，中危组患儿控制在15万元以内。急性早幼粒细胞白血病控制在8万元以内。
三类重大疾病实行新农合补偿、医疗救助制度救助的综合保障措施。属于救助对象的，新农合补偿比例在县及县级以上定点医疗机构常规补偿的基础上提高10个百分点，剩余个人自负部分，由医疗救助制度救助80%以上，其中五保户剩余个人自负部分100%由医疗救助基金救助；
属于非救助对象的，新农合补偿比例在县及县级以上定点医疗机构常规补偿的基础上提高10个百分点，剩余个人自负部分的50%由医疗救助基金救助。
两种疾病患儿的医疗费用补偿，实行单病种限额控制，实行新型农村合作医疗制度补偿，实行医疗救助制度。新型农村合作医疗将补偿70%的受助人，30%的医疗救助将支付住院费用。属于非救助对象的，新农合制度补偿70%，医疗救助制度救助20%，患儿家庭承担10%，并承担住院起付费用。同时儿童白血病年最高支付限额10.5万元，三类重大疾病年最高支付限额6.5万元。