（一）保险责任不同。健康保险和意外伤害保险都将意外伤害作为保险事故，但其责任范围不同。意外伤害保险的责任限于被保险人因意外事故死亡或者伤残，医疗保险对意外事故造成的医疗费用或者收入的损失负责。例如,某被保险人发生车祸受伤住院治疗后残废,如果此人投保的是意外伤害保险,保险人只承担残废给付而不负责赔偿医疗费用;如果此人投保的是健康保险,保险人则承担受伤住院的医疗费用和住院期间以及残废后不能工作的收入损失的赔偿(具体责任视健康保险的险种不同而有别)。
（二）合同性质不同。意外伤害保险主要以固定金额支付，属于给付合同。保险事故发生后，保险代理人按照合同约定的数额给付保险金。大多数医疗保险合同属于补偿合同。保险费的支付有三个基础：
1.定额支付：类似于人寿保险和意外伤害保险。
2.实际补偿:按实际所发生的费用给付,虽然有最高额的限制。
3.预付服务:由保险人直接支付医疗费用。
因此，在健康保险中，存在着双重保险和代位追偿的问题。因第三者责任造成保险事故的，保险人支付保险费后，可以要求被保险人将向第三者追偿的权利转移给保险人。也可在第三方进行了赔偿后,又予给付或补足差额(限于补偿性的健康保险合同)。如果存在重复保险,也应按重复保险下的赔偿方式进行给付。意外伤害保险则一般不存在上述问题。