医疗保险的不断完善与发展是我们国家一直以来所关注的，其中医疗保险管理人员队伍和处理能力建设是提高医疗保险质量和运行效率的核心。经办人员的积极性取决于合理的管理模式和相应的制度安排。由于法律地位和职能的错位，目前医疗保险代理机构并不是真正的“保险人”。在实现我国医疗保险机构法人化经营的基础上，一方面要实现保险公司法人治理结构的独立化。另一方面，积极引入市场机制和竞争机制，引入外部真正的“保险人”，推动医疗保险代理机构改革，促进竞争，实现由单一“保险人”向“多个保险人”的转变。
医疗保险作为一种保险机制，要求在财政上能够保持自我平衡。一般来说，保险财政的平衡应该由一个独立的主体来负责，从而实现保险金融相对于政府财政的独立性。因此，医疗保险经办机构应独立负责保险基金的运作。
只有如此，医保经办机构才有足够的经济激励在医保基金筹集、定点医疗机构协议管理、支付方式改革以及医疗费用审查支付等方面充分发挥能动性，以最大限度发挥医保基金的使用效率，并确保医保基金的可持续发展。
目前我国医保经办机构在法律上定位是执行医保行政事务的事业单位。根据社会保险法第八条及其他相关法律法规的规定，我国医保经办机构的职能主要包括以下几个方面：医疗保险登记;保费的核定征收;定点协议管理;医疗费用审查支付;医保基金预决算草案的编制;医保相关信息的收集与提供。根据上述法律定位，目前我国医保经办机构作为第三方履行支付的职能，形式上具有“保险人”的地位。
然而，在实践中，医保经办机构的法律定位与其职能存在错位，即经办机构事业单位的法律定位与其形式上的“保险人”地位存在偏差，这突出体现为其不是真正的“保险人”。具体而言，医保经办机构并非医保基金的产权人或者占有人，其以行政划拨经费为责任财产，并不对医保基金运营的盈亏承担责任。同时，医保基金的汇集与使用采取预决算方式的公共财政运作流程，经办机构仅为预、决算的执行机关。
在实践中，我国医疗保险经办机构的管理还是存在着一些问题的，医疗保险行政管理部门与机构之间存在着事实上的行政隶属关系。医疗保险行政管理部门对机构的人、财、物有高度的控制。“管办不分离”使行政机关不具有独立的法人地位，不具有自治属性。而且，医疗保险经办机构是有行政级别的，也是行政性的。