住房公积金是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位及其在职职工缴存的长期住房储金。商业房贷是指通过签订抵押合同，从银行申请贷款来支付所购房产的贷款。两者目前是购房最主要的贷款方式，然而两者之间还是有着不小的差异的。
1.从贷款审批和发放机构来看：公积金贷款审批决定权是公积金管理中心，放款的也是公积金管理中心；而商业性贷款审批与放款都是你所进行房贷的各类银行。
2.从利率角度看：公积金贷款利率比商业性贷款利率低，更优惠。目前公积金贷款５年期以上年利率是３.８７%，相比于５年期的商业性贷款基准利率５.９４%，优势明显。即使银行提出了打折的计划，也还没有公积金的低。
3.从贷款资质审批过程和时间看：如果申请公积金贷款，那么通过了银行的审批后还需要递交给公积金管理中心审批，审批通过后再向公积金管理中心申请放款，这些环节银行和公积金管理中心要打不少交道，而银行商业贷款只需要通过银行审批即可，因此从上述过程可以看出公积金贷款审批相对于银行贷款审批过程更为复杂，所需的时间更长，并且需要提供的资质证明更多，审批更严格。
4.从还款方式看：公积金贷款只能选择２种还款方式：等额本息与等额本金还款法；商业性贷款可以根据银行的房贷产品组合多种还款方式，因此商业贷款还款更人性化，更灵活。
5.从办理机构看：公积金贷款渠道相对较窄，目前能办理公积金贷款的银行只有5家，工农中建交，基本都是大型国有商业银行；商业贷款几乎各大银行都可以，不仅国有商业银行，地方性银行，股份制银行，外资银行都可以办理，只要你的条件具备就可以申请。
公积金房贷和商业房贷各有各的优势，因此购房者需要根据自己的情况来选择合适自己的贷款方式，比如很多人就选择第一套房贷使用商业贷款，第二套房就使用公积金贷款，这样就规避了办理二套房贷时需要支付的高利率（公积金贷款没有二套房和一套房之分，利率都是一样的）。合理的选择，将会节省不少的经济支出，减轻房贷压力。