农村合作医疗和城镇职工医疗都属于医疗保险，只是城镇职工医疗保险报销比例能高一些，如果有社保的话可以不用交农村合作医疗，万一有什么事建议去城镇职工医疗保险报销。基本医疗保险费由用人单位和职工共同缴纳。其中用人单位以全部在职职工上月工资总额为缴费基数，按8％的比例缴纳；在职职工以本人上年度月平均工资为缴费基数，按2％的比例缴纳，由用人单位从其工资中代扣代缴。自谋职业人员、失业人员和个体参保人员以上年度全市在岗职工月平均工资为缴费基数，按用人单位和职工个人缴费比例之和缴纳。
社保单位交的是五险（医疗保险、养老保险、工伤保险、失业保险、生育保险），自己交的话可以交三险（医疗保险、养老保险、失业保险）。各个地方规定也不不一样。