全部医疗保险基金收入中,在提取一定比例的管理费用和风险储备基金之后,剩余的部分就是医疗偿付基金。就其实质而言,医疗偿付基金相当于商业医疗保险之中纯保费的概念,其主要用途是保险机构对参保对象在患病期间所发生的、符合补偿范围的、直接的医疗费用进行经济方面的补偿。医疗偿付基金在医疗保险基金分配中的比例一般应该占到90％以上。医药补偿基金的主要影响因素是参保人员规模和医疗费用平均补偿水平。一般地,参保人员规模越大,全部基金收入之中的医疗偿付基金总量越大；补偿方案所设定的整体受益水平越高,实际基金支付所需要的资金量也就越大。
虽然我国医疗保险制度实行的是统筹基金与个人账户相结合的管理模式,但是从各地的操作实践来看,统筹基金与个人账户的具体结合方式存在着不同,一般可以分为：
一、三段通道式
这种“统账结合”的方式是将医疗偿付基金分配为统筹基金和个人账户,职工在发生医疗费用时,首先必须由个人账户进行支付,待个人账户支付一定金额之后,再支付个人月工资收人的一定比例,最后才是由统筹基金按照一定的比例进行补偿。这种方式的主要缺点在于统筹基金与个人账户相互“贯通”,容易引起参保职工个人的道德风险,同时对医疗保险经办机构的管理水平要求较高。这种条件下的统筹账户与个人账户的主要用途和支付范围没有本质的区别,个人账户在其中的作用仅仅相当于医疗保险中的“起付线”的作用。
二、板块结合式
这种“统账结合”的方式也是将医疗偿付基金分配为统筹基金和个人账户,统筹基金主要用于支付住院费用及某些特定病种的门诊费用；而个人账户主要用于支付门诊费用或统筹基金支付时需要个人自付部分。这种方式的主要优点是明确了统筹基金与个人账户各自的资金性质以及支付范围,两部分资金分开核算、分开管理,相互不会挤占挪用；主要缺点是不同健康状况的参保职工的疾病经济负担不一,一定程度上降低了统筹基金的补偿能力,同时容易出现职工个人为获得统筹基金的补偿而“小病大养”或“门诊挤住院”等不良现象。
三、“三金式“
与前两种“统账结合”方式不同的在于,“三金式”是将医疗偿付基金分配为个人账户、企业调剂金账户和社会统筹账户三个部分。其中,个人账户和企业调剂金账户分别由企业进行管理,个人账户主要支付小额医疗费用,不足部分由企业调剂金进行支付,大额医疗费用由统筹基金进行支付。这种方式的主要优点是充分调动参保企业的积极性,主要缺点是没有减轻“企业办社会”的事务性压力。另外,医疗补偿性基金过于分散,不利于补偿水平的提高。