南京市人力资源和处拟定全市医疗、并组织实施；参与拟定全市医疗保险、基金管理办法；负责定点医疗机构、定点零售药店的资格认定和管理工作；负责全市公费医疗工作；拟定全市机关企事业单位补充和管理办法。凡具有南京市城镇户籍,城镇职工基本医疗保险制度和新型农村合作医疗未覆盖到的各类城镇居民,都可以按规定申请参加城镇居民医疗保险。
灵活就业人员及以灵活就业人员身份办理了养老退休手续但无能力缴纳职工费的居民,也可选择参加城镇居民医疗保险。居民医疗保险费按年度缴纳,参保居民可在每年的12月25日前将下一年度医保费预存到有代扣关联关系的工商银行卡中,由工商银行统一代扣。
具体方式如下：（1）原使用 工商银行牡丹灵通卡 缴费的居民,可以继续使用该卡将医保费预存到该卡中。（2）换发 南京市民卡 的居民,如果想启用此卡工商银行功能来缴费的,可凭本人身份证或户口簿到全市任意一家工商银行开通银行卡功能、办理银行缴费代扣关联手续后,即可将医保费预存到该卡中。（3）2010年1月以后参保的居民,可凭本人身份证或户口簿到全市任意一家工商银行网点将 南京市民卡 中工商银行卡功能开通后,即可将医保费预存到该卡中。（4）有 南京市民卡 但未选择工商银行的以及参保后尚未领到 南京市民卡 的居民,可凭 南京市民卡 或《参保登记表》（黄联）在缴费期内到工商银行指定的网点柜面（见附表）直接缴纳下一年度的医保费。（5）新生儿办理参保登记后,当年医保费可凭《参保登记表》（黄联）直接到工商银行指定的网点柜面（见附表）缴款。
注意：未按规定时间缴费或未足额缴费的不享受下一年度居民医保待遇。