根据2009年6月发布的通知，企业自2008年1月1日起，按照国家有关规定，扣除企业中所有从业人员缴纳的补充养老保险费和补充医疗保险费，将员工工资总额的5%作为标准。
由于企业所得税优惠扣减，企业自2008年1月1日起对职工补充养老保险和补充医疗保险的积极性大大提高。随着补充养老保险和补充医疗保险的增加，涉及个人所得税的问题备受关注。
根据上述文件，企业、事业单位根据基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费和住房公积金的实际缴纳情况，免征个人所得税。用国家或者省人民政府规定的比例或者办法。补充医疗保险不包括在本文件的豁免项目中。因此，企业为职工支付的补充医疗保险，应由个人所得税征收。
企业为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的工资、薪金所得项目，按税法规定缴纳个人所得税。个人所得税的具体纳税时间应当按照.《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》(国税函[2005]318号)规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应当在企业向保险公司缴付时并人员工当期的工资收入，按工资、薪金所得项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。
根据财税[2006]10号文件的规定;企业为职工支付的补充医疗保险金不属于免税项目，应当征收个人所得税。根据目前的普遍做法，各地社会保险基金管理中心并不负责补充医疗基金的管理，通常做法是企业委托商业!陛保险公司代为管理或由企业自行管理。如果企业将补充医疗保险委托商业性保险公司管理，则应当在保险公司落到被保险人的保险账户时代扣代缴个人所得税。
企业自我管理模式的典型案例是北京的补充医疗保险费。根据相关规定，企业职工补充医疗保险费的部分在职工工资总额的4%以内，应当计入费用，并在税前扣除。补充医疗保险费用应当包括定点医疗机构和定点零售药房工作人员和离退休人员的费用，包括个人账户不足额支付的医疗费用、个人支付的医疗费用。除基本医疗保险基金外，个人支付的医疗费用除用于医疗费用的大量共同基金外医疗费用已付。《北京市企业补充医疗保险暂行办法》(京劳社医发[2001]16号)规定，补充医疗保险由企业管理。企业补充医疗保险费当年结余部分，结转下一年度使用。由于企业计提补充医疗保险时并没有落人个人账户，而且以后每位职工报销的医疗费用金额不等，这种管理模式就很难代扣代缴个人所得税。