医保住院报销流程为所有参保人，报销流程为：参保农民在定点机构门诊治疗时持新农合证明，定点医疗机构根据参保人提供的医保待遇直接减免医疗费用。新增农村合作医疗户籍户籍存在金额，超额部分由参保农民自行支付。定点医疗机构应当及时与农业医疗机构结算。
参合农民在市、县、乡定点医疗机构住院治疗的，定点医疗机构直接给予补偿。发生的医疗费用由定点医疗机构审核，并按照《实施办法》规定的标准垫付补助金额。
凡在省级定点医疗机构和非定点医疗机构住院的参合农民，由乡镇农业医疗机构给予补偿。一次住院医疗费用低于2000元(含2000元)的，由乡(镇)农业医院报销。2000元以上或对住院资料有疑问的，经乡(镇)农业医院审核，报县农业医疗局审批后报销。
申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。
对已参加了商业保险的参合农民和参加了学生医疗保险的在校学生，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民应先将住院发票原件和发票复印件先交农医所或县级定点医疗机构核对后予以补偿，再将住院发票原件到商业保险公司赔付。发票复印件由农医所或县级定点医疗机构保存，但外伤病人只能原件报销(学生除外)。
住院费用应当限期申报结算，出院后3个月内可以随时办理补偿结算手续，超过3个月的，视为自行放弃补偿(农民工可以延后至年底)。农医所按实施办法规定标准应补偿的金额在10个工作日内支付给参合农民。