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尽管农村社会养老保险有必要建立，可是由于我国养老保险制度发展时间较短，同时受我国目前的社会经济发展水平限制，农村社会养老保险存在的诸多问题已引起许多学者的关注，主要表现在以下几个方面：
(一)普及率低，覆盖范围有限，区域发展严重不平衡。
尽管上世纪九十年代以来，民政部门进行了农村养老保险的试点工作，但到目前为止，全国只有少数的农村地区较为广泛地开展了此项活动。己经筹集的农保资金主要集中在经济较发达的省市，多数地区难以为继。根据《中国劳动和社会保障统计年鉴(2003)》数据显示，东部、中西部参加农村养老保险的比例分别为62.5%和37.5%，呈明显的地域性差别，而且各地的社会保障内容也存在着很大的不同，我国发达地区已经建立比较完善的保障项目，保障水平较高，中西部连最基本的生活都难以保障，农村养老保险工作进展缓慢。而正是这部分经济落后地区及贫困目标人群急需要解决年老后的养老问题。另一方面，《基本方案》规定，农村社会养老保险在资金筹集上坚持以"个人缴纳为主，集体补助为辅，国家给予政策扶持"的原则，"十年规划及八五计划"中也指出"要积极引导"，这些说明了不可能强制要求农民参加农村社会养老保险。
(二)体制未理顺，基金管理存在漏洞。
在全国1905个农保试点县中，多数地方的农保机构还在民政部门，农保在省级已经移交而市县没有移交，"民政不管，参保的只有社保不接"的局面。农村的养老保险立法工作严重滞后，1992年1月民政部制定的《县级农村社会养老保险基本方案》。从我国的整个社会保障体系来看，还没有一部综合性社会保障法规，更没有具较强针对性的单项法规。由于缺乏相关法规的保障，我国现行的农村养老保险制度存在的一个严重弊端是怜理体制混乱，部门分工不明确，缺乏统一的设计和协调，影响了广大农民广泛参与养老保险的积极性。养老保险基金实行社会统筹以来，一直没有出台与之配套的财务制度。由于缺乏经济方面的专业人才和严格的制度，养老保险基金管理存在一些漏洞，财政、审计等监督部门针对执行中出现基金流失和浪费现象，因为没有相应的规章制度可循而无法处理，尤其是在中西部大多数省份，农保管理体制至今仍没有理顺，运作也存在着困难，处于进退两难的境地。
(三)养老保险基金保值增值压力大，投资渠道狭窄。
《基本方案》规定，"基金以县为单位统一管理，主要以购买国家财政发行的高利率债券和存入银行实现保值增值。"近年来，金融机构银行存款利率已由1993年的12.06%下降到2009年的3.6%，发行的国债也存在同样利率下降的问题，农村社会养老保险基金收益性较低，增值和保值的目标难以得到保证。因此购买债券和存入银行会使农村社会养老保险基金增值能力较弱，加上通货膨胀影响，甚至出现资金缩水的情况。
(四)保障水平过低，保障权益无法兑现。
目前，我国农村社会的保障水平远远低于城市。《基本方案》规定，农民交纳保险费时，可以根据自己的实际情况分2元、4元、6元、8元……20元等10个档次缴费，大多数地区农民投保时都选择了保费最低的2元/月的投保档次，预计交费后可每年领取120元左右，在不考虑通货膨胀等因素的情况下，这点钱也仍然难以对农民起到养老保障的作用。
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